Fakultas Syariah dan Ilmu Hukum Islam mengalami tiga kali perubahan nomenklatur/berubah nama. Pertama, Jurusan Syariah STAIN Parepare berdasarkan surat Surat Keputusan Ketua STAIN Pare-Pare Nomor: T.II/SK/OT.00/14A/1997 pada tanggal 16 Juli 1997. Kedua, Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam di Lingkup STAIN Parepare berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 57 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Parepare. Ketiga, pada tanggal 27 Desember 2018 telah diterbitkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 35 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Islam Negeri Parepare tanggal 27 Desember 2018 diperkuat Surat Keputusan Rektor IAIN Parepare Nomor 129 Tahun 2019 tentang Pendirian Fakultas Syariah dan Ilmu Hukum Islam. Fakultas Syariah dan Ilmu Hukum Islam menaungi empat Program Studi, yaitu Hukum Keluarga (Ahwal Syakhsiyah), Hukum Ekonomi Syariah (Muamalah), Hukum Tata Negara (Siyasah), dan Hukum Pidana Islam (Jinayah).
Awal pembukaan prodi ini pada tahun akademik 2003/2004. Hukum Ekonomi Syariah merupakan program studi ke 2 di Jurusan Syariah STAIN Parepare. Prodi HES beroperasi melalui Surat Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam, Keputusan Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 3070 tahun 2013 Tentang Perpanjangan Izin Penyelenggaraan Program Studi Pada Program Sarjana Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Parepare. Prodi HES bertujuan mendukung visi dan misi Fakultas Syariah dan Ilmu Hukum Islam Institut Agama Islam Parepare menjadi terkemuka dalam Bidang kajian Syariah dan Hukum untuk Mewujudkan IAIN Parepare sebagai Pusat Akulturasi Budaya dan Islam.
Pada tanggal 4 Juni 2013 Jurusan Syariah STAIN Parepare mengalami perubahan nomenklatur/berubah nama menjadi Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam di Lingkup STAIN Parepare berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 57 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Parepare. Berdasarkan PMA tersebut, Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam telah membina 11 program studi, yaitu 1) Hukum Keluarga Islam (Ahwal Syakhshiyyah), 2) Hukum Ekonomi Syariah (Muamalah), 3) Perbankan Syariah, 4) Hukum Tata Negara (Siyasah), 5) Hukum Pidana Islam (Jinayah), 6) Ekonomi Syariah, 7) Manajemen Zakat dan Wakaf, 8) Akuntansi Lembaga Keuangan Syariah, 9) Manajemen Keuangan Syariah, 10) Akuntansi Syariah, dan 11) Pariwisata Syariah.
Pada tanggal 27 Desember 2018 telah diterbitkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 35 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Islam Negeri Parepare tanggal 27 Desember 2018 diperkuat Surat Keputusan Rektor IAIN Parepare Nomor 129 Tahun 2019 tentang Pendirian Fakultas Tarbiyah, Fakultas Syariah dan Ilmu Hukum Islam, Fakultas Ushuluddin, Adab dan Dakwah, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam pada Institut Agama Islam Negeri Parepare, kesebelas prodi tersebut diakomodir oleh 2 (dua) fakultas: Fakultas Syariah dan Ilmu Hukum Islam dan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam. Empat Program Studi, yaitu Hukum Keluarga (Ahwal Syakhsiyah), Hukum Ekonomi Syariah (Muamalah), Hukum Tata Negara (Siyasah), dan Hukum Pidana Islam (Jinayah) tetap berada di Fakultas Syariah dan Ilmu Hukum Islam dan tujuh program studi lainnya ‘hijrah’ ke Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam.
Pemisahan kesebelas prodi tersebut merupakan konsekuensi logis atas perubahan bentuk dari STAIN Parepare menjadi IAIN Parepare dengan terbitnya Peraturan Presiden (Perpres) Nomor 29 Tahun 2018 tanggal 5 April 2018 yang resmi diundangkan dalam Lembaran Negara Tahun 2018 Nomor 52 tanggal 7 April 2018.
Periodisasi kepemimpinan sejak masih berstatus Jurusan Syariah sampai menjadi Fakultas Syariah dan Ilmu Hukum Islam.
Periode 1997-2002
Ketua Jurusan (Kajur) : Dr. H. Abd. Rahim Arsyad, M.A.
Sekretaris Jurusan (Sekjur) : Drs. Munir Kadir
Periode 2002-2006
Ketua Jurusan (Kajur) : Drs. H. A. Anwar Zaenong, M.A.
Sekretaris Jurusan (Sekjur) : Dra. Hamdanah Said, M.Si.
Periode 2006-2010
Ketua Jurusan (Kajur) : Drs. Sudirman L., M.H.
Sekretaris Jurusan (Sekjur) : Drs. M. Hasyim Talibbe (Almarhum
tahun 2009) digantikan Aris Widodo,
S.Ag., M.A. (2009-2010)
Periode 2010-2014
Ketua Jurusan (Kajur) : Dr. H. Sudirman L., M.H.
Sekretaris Jurusan (Sekjur) : Budiman, M.HI.
Periode 2014-2018
Ketua Jurusan (Kajur) : Budiman, M.HI.
Sekretaris Jurusan (Sekjur) : Dr. Fikri, S.Ag., M.HI.
Periode 2018-2019 (masa transisi)
Pelaksana Tugas Ketua Jurusan
(Plt. Kajur) : Budiman, M.HI.
Pelaksana Tugas Sekretaris Jurusan
(Plt. Sekjur) : Dr. Fikri, S.Ag., M.HI.
Periode 2019-2020
Dekan : Dr. Hj. Muliati, M.Ag.
Wakil Dekan Bidang Akademik,
Kemahasiswaan, Kelembagaan
dan Kerjasama (Wadek I) : Budiman, M.HI.
Wakil Dekan Bidang Administrasi
Umum dan Keuangan (Wadek II) : Dr. Agus Muchsin, M.Ag.
Periode 2020-2022
Dekan : Dr. Hj. Rusdaya Basri, Lc., M.Ag.
Wakil Dekan Bidang Akademik,
Kemahasiswaan, Kelembagaan
dan Kerjasama (Wadek I) : Budiman, M.HI.
Wakil Dekan Bidang Administrasi
Umum dan Keuangan (Wadek II) : Dr. Agus Muchsin, M.Ag.
Periode 2022-2026
Dekan : Dr.Rahmawati,M.Ag
Wakil Dekan Bidang Akademik,
Kemahasiswaan, Kelembagaan
dan Kerjasama (Wadek I) : Dr.Aris, S.Ag., M.HI
Wakil Dekan Bidang Administrasi
Umum dan Keuangan (Wadek II) : Dr.Fikri,S.Ag.,M.HI
Ketua Prodi HES pertama saat masih berada di bawah naungan Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam STAIN Parepare adalah Prof. Dr. St. Jamila Amin, M.Ag. Kemudian dilanjutkan oleh Abdul Hamid, S.E., M.M. kemudian dilanjutkan lagi oleh Rusnaena, M.Ag. kemudian dilanjutkan lagi oleh Dr. Aris, S.Ag. M.HI. Sementara setelah perubahan bentuk menjadi IAIN Parepare pada tahun 2019, Prodi HES dipimpin oleh Dr. Andi Bahri S, M.E. kemudian dilanjutkan oleh Hj. Sunuwati, Lc., M.HI. pada tahun 2000 lalu pada bulan Mei tahun 2022 Ketua Prodi HES diemban oleh Rustam Magun Pikahulan, M.H. hingga saat ini.
Saat ini Program Studi Hukum Ekonomi Syariah (Muamalah) IAIN Parepare terakreditasi “B” (Baik Sekali) berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT No.8346/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2020, yang berlaku sejak tanggal 15 Desember 2020 sampai dengan 15 Desember 2025. Selanjutnya Program Studi Hukum Ekonomi Syariah (Muamalah), diharapkan dapat memperbaiki peringkat akreditasinya menjadi “Unggul”.